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病》（以下称李文），他根据父辈传下来的口碑等材料认定同治帝确系死于梅毒。另一篇是人民大学档案学院的研究者刘耿生和中医医生张大君合撰的《从公布档案史料谈同治帝的死因》（以下称刘文），对传世的同治帝的病症档案进行分析，肯定所记载的症状是天花而不是梅毒。
第二种说法：在民间流传甚广的是，同治帝是因微服逛妓院，染上梅毒而死的。
同治死于梅毒的说法通过野史、小说、电影等通俗载体流传于世，几乎家喻户晓，成为老百姓茶余饭后的谈资。在历史研究者当中，也有人持同治死于梅毒说法的，但更多的研究者认为应根据可靠的档案史料来解开这个疑案。
老百姓之所以怀疑同治帝死于梅毒，也是有原因的。
其一，从常识上说，在当时的情况下，虽然尚未找到医治天花的有效良药，但即使是一般的百姓，患天花还不至于死亡，所以民间把天花称作“天花之喜”，何况是堂堂天朝皇帝，身边有的是高明的御医，怎么就那么容易死的呢？另外，在没有医学专业知识的老百姓眼里，天花和梅毒的病症有点类似，因此怀疑同治得的是梅毒而不是天花也就是很自然的事了。就是在清朝的宫廷里曾经贴身服侍过慈禧太后的女官德龄，也对同治死于天花的说法有所怀疑：“因为同治的身体一向十分健壮的，论到天花这一种病症也决非就是绝症，只要医治得合法，调护得适宜，要治好也是很有可能的，至多不过使同治那样一个美少年变为麻脸而已。”
其二，从同治帝平常的行为习惯上怀疑他有可能染上梅毒。
据《清代外史》记载，同治帝选皇后的时候，同生母西太后发生了意见分歧。西太后喜欢美貌艳丽但举止轻佻的侍郎凤秀的女儿，但同治帝和东太后慈安却都看中了清朝唯一的“蒙古状元”崇绮之女阿鲁特氏，该女虽然相貌平常，但举止端庄，一见就知道是有德量者。同治帝不顾母后的反对选择了阿鲁特氏为皇后，凤秀女只被封了个慧妃。对此慈禧太后一直耿耿于怀，甚至没有给予崇绮家“皇亲国戚”的特殊待遇。婚后，同治与皇后“伉俪綦笃”，这就更加激起了慈禧太后的不快。
慈禧千方百计地离间帝后二人的关系，派太监阻止皇帝和皇后相见，又强迫同治亲近慧妃。同治帝是时虽有一妻四妾(慧妃之外还有瑜妃、妃和妃)，却左右不是，不能自主，因此索性谁也不亲近，终年独宿乾清宫。在乾清宫的同治帝独眠难熬，就经常化装成老百姓微行出宫。据传，有好几个人在肆井中亲眼看见过同治帝的行踪。后来，就从宫中传出同治帝出痘病重之事。据此，人们有理由怀疑，皇帝微行时也许到过前门外的八大胡同逛妓院，因而染上了梅毒。现在涉及这段历史的许多文学作品，都采用了类似的说法。
但今人没有排除药底簿是御医等人为了掩饰同治帝的真实病状而故意伪造的可能性，所以也就影响了“同治帝死于天花”这一结论的权威性。看来，同治帝死因之谜尚有待于后人的进一步探索。
第三种说法：同治死于天花梅毒说。
主要是根据历史档案与文献资料推断。御医诊断同治的症状是：湿毒乘虚流聚，腰间红肿溃破，漫流脓水，腿痛盘挛，头颈、胳膊、膝上发出痘痈肿痛。这种看法是：同治或先患天花未愈而又染上梅毒，或先患梅毒而又染上天花，两种疾病并发，医治无效而死。
民间对于同治皇帝死因有种种说法，清朝官方则保持沉默，不予申辩。因此，同治到底是死于什么病，成了一个历史疑案。