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。萧三又伙同原禁卫军军官趁机将叛兵首领杀死。请皇上免我一些官爵，多多赏赐他们。”
耶律洪基当殿问起详细情况，萧峰除了将与萧三接头改为偶然遇到之外，将昨夜进城后的过程详细说起，自然是加重夸大萧三等人的功劳。耶律洪基听萧三等人原来皆是禁卫军军官，这次建立如此功劳，确为忠心之人，不由大为高兴。封萧三为南院枢密使，萧军为禁卫军将军，萧林为左军将军。
聚议完毕，因为上京初定，众人各按职责，分头行事。萧峰、萧三去和南院诸部属相见，南院诸属官军虽然均是楚王旧部，但一来萧峰神威凛凛，各人尽都害怕，不敢不服，又都敬他英雄了得，二来楚王平素脾气暴躁，无恩于人，三来自己作乱犯上，心下都好生惶恐，是以萧峰一到军中，众叛军肃然敬服，齐听号令。
当下南院部属一个个依着官职大小，上来参见。萧峰做官已久，以前又任过丐帮帮主，统率群豪，自有一番威严。带领丐帮豪杰和契丹大将，其间也无甚差别。只是辽军中另有一套规矩，萧峰小心在意，一切均是井井有条。
萧峰说道：“皇上已赦免各人从逆谋叛之罪，此后大伙儿应该痛改前非，再也不可稍起贰心。”一名白须将军上前说道：“禀告大王，逆贼扣押我等家属，胁迫我等附逆，我等若有不从，逆贼便将我等家属斩首，事出无奈，还祈大王奏明万岁。”
萧峰点道：“既如此，以往之事，那也不用说了。”转头对萧三说道：“南院军务望你尽力办理，你与众将在此议事，我要去禁卫军处看看。”萧峰又到禁卫军、左军等处转了一圈，为萧林、萧军等树立威信。
此次平叛，因为函谷弟子提前得到讯息，准备充分，因此功劳甚伟。萧峰经此一役，掌握了契丹的大部分兵权。函谷弟子借着此次楚王叛乱，成功打入辽国军队上层，分居要职。除北院大王势力之外，北辽军队基本在都在萧峰的控制之下。
北辽军队遭到此次内乱，前后死伤八万余人，虽然不致于动摇国本，但是元气也受到损伤。耶律洪基宣布，自己兼任兵马大元帅。虽然兵马大元帅有调兵权力，但兵马的实际控制权仍控制在萧峰和北院大王手中。
根据于虚雨的策略，针对契丹的函谷弟子分几批赶来，他们执行的任务，就是要把北辽军权驾空。此时，萧峰位高权重，萧三、萧林、萧军（函谷弟子因为此次任务，所用皆为化名，因萧姓是北辽大姓，因此大多姓萧。）等函谷弟子已成为北辽高级将领。萧峰等人以唯才是用的借口，将函谷弟子逐步提拨，渐渐完成对北辽南院所部军队、禁卫军的掌控。
北院大王带领的部队中，萧峰初到时所带的三百函谷弟子，近一半留在北院大王处，他们逐渐展现才华，有几人得到北院大王的赏识，权力逐渐扩大。
萧峰在部队中布局完成，上表奏请改革军制。建议将全国八十万军队分为八路，除禁卫军独成一路外，将南院四十万大军按区域分为四路，北院三十万大军按区域分为三路，每路十万人马。八路军直属大元帅，强化皇权。
如此改革，实际是将南院大王、北院大王的权力分散，耶律洪基自然没有异议，以为萧峰忠心耿耿，对权力看得非常淡薄，对他更是信任。
北院大王虽然忠心耿耿，但是无端夺去他的二十万大军，心里当然不舒服。但萧峰提议一是为国为民，二来萧峰军权受损害更大，所以北院大王也没有当厅表示异议。
经过此次新的军权分配，函谷弟子取得八路军中六路的指挥权。北院大王和王弟耶律洪础两路军中，也潜伏有大量的函谷弟子，在其军中担任重要职务。